Le monastère fut fondé en 685 par Bertwinus, un missionnaire anglo-saxon, avec l'aide de Pépin II, sur les vestiges d'un édifice romain. On ne sait rien des bâtiments d'origine. Le fondateur a été inhumé ici et ses reliques y sont vénérées. Les Normands détruisirent le monastère en 881/882. On ne dispose d'aucune autre information, si ce n'est qu'il fut sans doute très rapidement reconstruit. La question de savoir si Malonne appartenait à l'archevêque de Liège fait l'objet d'un débat. Quoi qu'il en soit, en 1146, l'archevêque transforma le monastère en abbaye augustinienne. L'église fut reconstruite en 1651, mais le choeur roman subsista jusqu'en 1722. La tour ouest, de construction massive, remonte sans aucun doute à des édifices antérieurs. Aujourd'hui, l'édifice sert d'église paroissiale ; un internat se trouve à côté.