715 wurde die Anlage als Marienkloster von Korbinian gegründet, 739 dann von Bonifatius zur Bischofskirche und zum Domkloster erhoben. Die Marienkirche war vielleicht die Pfalzkirche der agilolfingischen Pfalz. Später entstand auch eine eigene Kirche des Domklosters, 825 erwähnt (Benediktus), 1347 Neubau (obj-413), sowie eine Taufkirche, heute St. Johannes der Täufer, Neubau 1319 (obj-414). 860 wurde der Dom als dreischiffige Basilika neu erbaut. Unklar ist, ob in karolingischer Zeit bereits ein Westbau bestand. Nach einem Brand 903 erfolgte eine Erneuerung, wohl mit Westbau.

1160-1205 entstand der weitestgehend bestehende Neubau der Domkirche mit zweitürmigem Westbau unter Verwendung älterer Bauteile. Innen wurde der Bau später barockisiert.

En 715, le site a été fondé par Korbinian en tant que monastère marial, puis en 739, Boniface l'a élevé au rang d'église épiscopale et de monastère cathédral. L'église de Marie était peut-être l'église palatine du palais agilolfingien. Plus tard, une église propre au monastère de la cathédrale fut également construite, mentionnée en 825 (Benediktus), nouvelle construction en 1347 (obj-413), ainsi qu'un baptistère, aujourd'hui Saint-Jean-Baptiste, nouvelle construction en 1319 (obj-414). En 860, la cathédrale fut reconstruite en basilique à trois nefs. On ne sait pas s'il existait déjà un bâtiment occidental à l'époque carolingienne. Après un incendie en 903, la cathédrale fut rénovée, probablement avec un bâtiment occidental.

En 1160-1205, la nouvelle construction de l'église cathédrale, qui existait déjà en grande partie, fut réalisée avec un bâtiment occidental à deux tours en utilisant des éléments plus anciens. L'intérieur de l'édifice a été ultérieurement transformé en style baroque.