Der Legende nach soll das Kloster bereits von Germanus, Bischof von Besançon, 396 gegründet worden sein, der hier bestattet worden sei. Wahrscheinlicher ist aber, dass erst um 650 eine wirkliche Klostergründung erfolgte, vielleicht über dem Grab des Germanus. Verbunden ist die Abtei auch mit einem Wunder, bei dem die Etichonen-Tochter Odilie (+720) hier ihr Augenlicht wieder erhalten haben soll. In karolingischer Zeit erlangte das Kloster eine große Bedeutung und wurde von Karl und seinem Sohn Ludwig gefördert. Von frühen Bauten ist nichts bekannt. Es kann Umbauten im frühen 9. Jahrhundert gegeben haben und wohl im 11./12. Jahrhundert, als es einen neuerlichen Aufschwung gab. Die heutige Abteikirche wurde zwischen 1738 und 1760 erbaut.

Selon la légende, le monastère aurait été fondé dès 396 par Germanus, évêque de Besançon, qui y aurait été inhumé. Il est toutefois plus probable que la véritable fondation du monastère n'ait eu lieu qu'aux alentours de 650, peut-être au-dessus de la tombe de Germanus. L'abbaye est également associée à un miracle : c'est ici qu'Odilie (+ 720), fille d'Étichon, aurait recouvré la vue. À l'époque carolingienne, l'abbaye acquit une grande importance et fut soutenue par Charlemagne et son fils Louis. On ne sait rien des constructions d'origine. Il a pu y avoir des transformations au début du IXe siècle, puis sans doute aux XIe et XIIe siècles, lors d'un nouvel essor. L'église abbatiale actuelle fut construite entre 1738 et 1760.