Ein frühes Martinskloster wurde von den Mönchen Eustachius und Agilus aus Luxeuil um 617 hier gegründet, was neuerdings relativiert wird, aber nicht angezweifelt werden kann. Tassilo I., der aus einer burgundischen Familie stammt, habe die Klostergründung gefördert. Weltenburg ist das älteste Kloster unter den Agilolfinger. Eine Kirchenweihe wird um 700 durch Rupert von Salzburg angenommen und das Patrozinium durch Georg ergänzt. Bereits vor 788 wurde das Kloster auch von Tassilo III. stark gefördert, in der Folge dann von Karl dem Großen zum Reichskloster erhoben. Über die frühen Bauten ist aber nichts bekannt. Die Ungarnüberfälle scheint das Kloster gut überstanden zu haben. 932 wurde es als Eigenkloster des Doms zu Regensburg wieder belebt. 1112-1191 gab es einen Neubau, der als Saalbau gedeutet wird. Der bestehende komplette barocke Neubau entstand ab 1716 unter Cosmas Damian Asam.

Un ancien monastère dédié à Saint Martin a été fondé ici vers 617 par les moines Eustachius et Agilus de Luxeuil, ce qui est récemment relativisé, mais ne peut être remis en cause. Tassilo Ier, issu d'une famille bourguignonne, aurait encouragé la fondation du monastère. Weltenburg est le plus ancien monastère parmi les Agilolfingiens. Une consécration de l'église est supposée avoir eu lieu vers 700 par Rupert de Salzbourg et le patronage a été complété par Georg. Avant 788 déjà, le monastère était fortement soutenu par Tassilo III, puis élevé au rang de monastère impérial par Charlemagne. On ne sait toutefois rien des premiers bâtiments. Le monastère semble avoir bien résisté aux invasions hongroises. En 932, il fut réactivé en tant que monastère propre à la cathédrale de Ratisbonne. Entre 1112 et 1191, un nouveau bâtiment, interprété comme une salle, fut construit. Le nouveau bâtiment baroque actuel fut construit à partir de 1716 sous la direction de Cosmas Damian Asam.