In der römischen Festung Foetibus wurde um 740/748 eine Cella vom Missionar Magnus aus St. Gallen gegründet und eine Saalkirche mit Krypta erbaut, die unter der heutigen Kirche ergraben ist. Frankenkönig Pippin stattete die Cella 759 mit Gütern aus. Zwischen 816 und 830 oder etwas später erfolgte der Neubau einer Marienklosterkirche, deren Bau in Zusammenhang mit der Reliquienerhebung des Magnus und der großen Verehrung sowie der Wallfahrten zu seinen Reliquien steht. Ob der Bau einen Westbau erhielt ist unbekannt, aber angesichts der Umstände, auch, dass die Augsburger Domkirche Füssen unterstützte, darf davon ausgegangen werden. Ende des 10. Jahrhunderts erfolgte ein Neubau als dreischiffige Basilika mit Ostquerhaus, Rechteckchor und Ostkrypta, die in Teilen unter Verwendung der karolingischen Krypta erhalten ist. In der zweiten Hälfte des 12. Jahrhunderts wurde der Bau nach Westen mit Westkrypta und Westchor verlängert. Der heutige Bau wurde 1701 unter Beibehaltung der Doppelchörigkeit und des Grundrisses sowie von Teilen des älteren Baues von Johann Jacob Herkommer errichtet.

Dans la forteresse romaine de Foetibus, une cella fut fondée vers 740/748 par le missionnaire Magnus de Saint-Gall et une église-halle avec crypte fut construite, qui se trouve sous l'église actuelle. Le roi franc Pépin dota la cella de biens en 759. Entre 816 et 830 ou un peu plus tard, une nouvelle église monastique dédiée à Marie fut construite, en lien avec l'exhumation des reliques de Magnus, la grande vénération dont il faisait l'objet et les pèlerinages vers ses reliques. On ignore si la construction comprenait une partie occidentale, mais compte tenu des circonstances et du fait que la cathédrale d'Augsbourg soutenait Füssen, on peut supposer que c'était le cas. À la fin du Xe siècle, un nouveau bâtiment fut construit sous la forme d'une basilique à trois nefs avec un transept oriental, un choeur rectangulaire et une crypte orientale, dont certaines parties ont été conservées en utilisant la crypte carolingienne. Dans la seconde moitié du XIIe siècle, le bâtiment a été prolongé vers l'ouest avec une crypte et un choeur occidentaux. Le bâtiment actuel a été construit en 1701 par Johann Jacob Herkommer, qui a conservé le double choeur, le plan et certaines parties de l'ancien bâtiment.