Auf dem Gelände einer ehemaligen römischen Villa gründete 803 Theodulfus, Bischof von Orléans, ein Oratorium, mit dazugehörigem Kloster. Als Architekt wird Odo von Metz erwähnt, der auch die Pfalzkapelle in Aachen (obj-822) geplant haben soll. Odo sei armenischer Herkunft gewesen, was die Grundrissformen des Zentralbaus von Aachen und Germigny-des-Prés erkläre. Es handelt sich um einen Zentralbau in der Form des griechischen Kreuzes mit Apsiden in den Hauptachsen. Die Zwickel nehmen kleine quadratische Nebenräume ein, so dass ein Quadratbau von dreimal drei ungleichen Jochen entsteht. Die Ostseite endete ursprünglich in drei Apsiden. In der Hauptapsis existiert noch ein Mosaik von 806, das byzantinischen Einfluss zeigt. Nach einem Brand wird der Bau 1060/1067 wiederaufgebaut. Das bestehende Langhaus entstand so erst im 15. Jahrhundert. 1840 umfangreiche Restaurierungen.

En 803, Théodulf, évêque d'Orléans, fonda un oratoire et un monastère sur le site d'une ancienne villa romaine. L'architecte mentionné est Odo de Metz, qui aurait également conçu la chapelle palatine d'Aix-la-Chapelle (obj-822). Odo était d'origine arménienne, ce qui explique les formes du plan d'ensemble des édifices centraux d'Aix-la-Chapelle et de Germigny-des-Prés. Il s'agit d'un édifice central en forme de croix grecque avec des absides dans les axes principaux. Les écoinçons sont occupés par de petites pièces carrées, formant ainsi un bâtiment carré de trois fois trois travées inégales. À l'origine, le côté est se terminait par trois absides. Dans l'abside principale, il existe encore une mosaïque datant de 806, qui témoigne de l'influence byzantine. Après un incendie, l'édifice est reconstruit en 1060/1067. La nef actuelle n'a donc été construite qu'au XVe siècle. En 1840, d'importants travaux de restauration ont été effectués.